Im Emschereinzugsgebiet waren und sind Verbesserungen der Oberflächengewässer und des Grundwassers notwendig.

Das Maßnahmenprogramm des Landes enthält mehrere tausend sogenannte Programmmaßnahmen, mit denen der gute Zustand der Oberflächenwasserkörper und der Grundwasserkörper erreicht werden soll. Hinter den meisten verbergen sich teilweise komplexe Bündel von Einzelmaßnahmen, die in den Umsetzungsfahrplänen konkretisiert wurden. Schwerpunkte des Maßnahmenprogramms liegen in der Reduzierung der Nährstoffeinträge aus landwirtschaftlichen Flächen, der Niederschlagswasserbeseitigung und der Verbesserung der Gewässerstrukturen.

Mittlerweile befindet sich der Umsetzungsprozess in vollem Gang; so auch im Emschereinzugsgebiet. Allerdings in anderen Dimensionen, als in den anderen Einzugsgebieten. Der ökologische Umbau des Emschersystems, bisher ein System aus offenen Abwasserkanälen, erfordert den Bau von Kläranlagen, Abwasserkanälen sowie die Renaturierung der Gewässer.