Die Gestalt natürlicher Bäche und Flüsse weist typische Strukturen auf, die von Rahmenbedingungen wie dem Klima, der Talform und dem geologischen Untergrund bestimmt werden. So kann die Gewässersohle sandig oder kiesig sein, der Verlauf geschwungen, mäandrierend oder verzweigt, die Ufer steil oder flach. Hinzu kommen die Einflüsse durch den Menschen wie z. B. Begradigung, Verrohrung, Aufstau, Uferbefestigung usw.
Alle diese Aspekte zusammen genommen werden als Gewässerstruktur bezeichnet. Sie kann bewertet werden, indem man sie abschnittsweise erfasst und mit den Strukturen vergleicht, die das Gewässer ohne Veränderungen durch den Menschen aufweisen würde. Ähnlich wie bei Schulnoten – allerdings mit sieben Stufen – kennzeichnet die Strukturklasse 1 besonders naturnahe, also unveränderte Gewässerabschnitte. Gewässerabschnitte der Strukturklasse 7 weisen praktisch keine "natürlichen" Merkmale mehr auf – zum Beispiel wenn sie vollständig begradigt und Sohle und Ufer befestigt sind. Sie sind "vollständig verändert". In solchen naturfernen Gewässern können sich nur noch wenige Tiere und Pflanzen halten, so dass hier in der Regel der gute ökologischen Zustand und auch das gute ökologische Potenzial verfehlt werden.
Im Jahr 2013 wurde für die Gewässer in Nordrhein-Westfalen eine Aktualisierung der Strukturgütekartierung abgeschlossen. Eine Übersicht über die Ergebnisse zeigt die nebenstehende Karte. Für einige Gewässer haben sich durch Renaturierungsmaßnahmen deutliche Veränderungen gegenüber der Kartierung von 2004 ergeben. Dies hat auch Auswirkungen auf die Maßnahmenplanung für die kommenden Bewirtschaftungszyklen.