Das Maßnahmenprogramm des Bewirtschaftungsplans legt zunächst nur sogenannte "Programmmaßnahmen" fest, die gemäß eines bundesweit einheitlichen Katalogs für die Wasserkörper formuliert werden (LAWA-Maßnahmenkatalog, Download hier: http://www.wasserblick.net/servlet/is/142651/).
Diese Maßnahmen sind in der Regel recht umfassend und allgemein formuliert, so dass zu ihrer praktischen Umsetzung oft mehrere Schritte erforderlich sind, die einzeln geplant und umgesetzt werden. In einigen Fällen ist eine Programmmaßnahme allerdings durch eine einzelne Aktion umsetzbar – z. B. der Umbau einer einzelnen Kläranlage.
Für die praktische Umsetzung hat das Land NRW landesweit einheitliche Vorgaben gemacht. Dabei wird unterschieden zwischen
- Maßnahmen zur Verringerung von Stoffeinträgen aus Punktquellen (insbesondere: Abwasserbehandlung)
- Maßnahmen zur Verbesserung der Gewässerstruktur, der Durchgängigkeit und der Wasserführung von Gewässern ("hydromorphologische Maßnahmen")
- Maßnahmen der Landwirtschaft für Grund- und Oberflächenwasserkörper (insbesondere Verringerung des Eintrags von Nährstoffen und Pflanzenbehandlungsmitteln)
