Die Weser und ihre Zuflüsse bilden das einzige Stromgebiet, das vollständig im Verantwortungsbereich des EU-Mitgliedstaates Deutschland liegt. Das Flussgebiet umfasst sieben Bundesländer: Bayern, Thüringen, Hessen, Nordrhein-Westfalen, Sachsen-Anhalt, Niedersachsen, Bremen.

Das Einzugsgebiet der Flussgebietseinheit Weser ist 46.306 km² groß. Die Flussgebietseinheit Weser wird organisatorisch in die drei Koordinierungsräume (KOR) Werra, Fulda/Diemel und Weser eingeteilt, innerhalb derer die Erhebung und Aggregierung der Daten sowie die Vorarbeiten zur Aufstellung der notwendigen Karten und Pläne erfolgt. Der Koordinierungsraum Weser wurde aufgrund seiner flächenhaften Ausdehnung in sechs Bearbeitungsgebiete (Werra, Fulda/Diemel, Leine, Aller, Ober- und Mittelweser, Tideweser) unterteilt.

Die Koordinierung aller Arbeiten bei der Umsetzung der EG-Wasserrahmenrichtlinie in der Flussgebietseinheit Weser übernimmt die "Flussgebietsgemeinschaft Weser" FGG Weser.

Nahe der nordrhein-westfälischen Landesgrenze beginnt am Zusammenfluss von Werra und Fulda in Hann. Münden die Oberweser. Entlang ihres Weges durch das Weserbergland, der nur zu einem kleineren Teil in Nordrhein-Westfalen verläuft, säumen u. a. die Orte Höxter, Holzminden, Hameln, Rinteln und Vlotho den Fluss. Unterhalb der Porta Westfalica beginnt die Mittelweser und sie tritt in das norddeutsche Tiefland ein. Bei Bremerhaven mündet die Weser in die Nordsee.