Auf ihrem Weg Richtung Ems durchquert die Werse das Stadtgebiet von Ahlen. 

In innerstädtischen Bereichen stellt die ökologische Aufwertung von Gewässerabschnitten oftmals eine Herausforderung dar. In Ahlen konnte die Werse auf einer Länge von insgesamt ca. 1,8 km naturnah gestaltet und so zur Zielerreichung der EG-WRRL beigetragen werden. Alle genutzten Flächen für die Entwicklung der Werse befanden sich im Eigentum der Stadt Ahlen. 

Die Böschungen wurden naturnah profiliert und sollen zukünftig der Sukzession überlassen werden. So können sich standortgerechte Gehölze an der Werse ansiedeln, die als Nahrungsquelle für Kleinstlebewesen im Gewässer dienen, Schatten spenden und über ihre Wurzeln und als Totholz selbst wichtige Strukturen bilden.

Eingreifende Gewässerunterhaltungsmaßnahmen sind für die Zukunft nicht geplant. Vielmehr soll punktuell und bedarfsorientiert unterhalten werden, wenn der ordnungsgemäße Wasserabfluss gestört ist. So können sich möglichst eigendynamisch wertvolle Strukturen und Lebensräume für zahlreiche Tier- und Pflanzenarten entwickeln. 

Die Maßnahme an der Werse zeigt, dass auch in innerstädtischen Bereichen erfolgreich Maßnahmen für die EG-WRRL umgesetzt werden können. Im Einklang mit dem städtischen Umfeld wurde auch an die Erlebbarkeit der Werse für die Anwohner gedacht. So konnten am Stadtpark einige große Setzsteine aus gehauenem Ibbenbürener Stein in die Werse eingebaut werden, die dazu einladen, das Gewässer zu erkunden.