Die Boye ist mit ihren Nebenbächen das zweitgrößte Bachsystem, welches der Emscher zufließt. Das Einzugsgebiet ist etwa zu gleichen Teilen ländlich (im Oberlauf) wie städtisch (im Unterlauf) geprägt.

Wie viele Emscherzuflüsse wurden auch der Mittel- und Unterlauf der Boye und die meisten ihrer Zuflüsse im Zuge des Emscherausbaus zu offenen Schmutzwasserläufen ausgebaut. Mit dem Abklingen der Bergsenkungen hat der Umbau der Boye begonnen, der im Jahr 2022 abgeschlossen wurde.

Den gesamten Zeitraum, in welchem die Boye als ausgebauter Schmutzwasserlauf funktionierte, konnte eine im Tiefland sehr seltene Fischart, die Groppe, in einem kleinen Reinwassernebenlauf überleben. Die Groppe oder Mühlkoppe ist ein markanter, bis 20 cm großer bodenlebender Fisch sauberer, sauerstoffreicher Bäche mit kiesig-sandigem oder steinigem Grund.

Im Emscher-Einzugsgebiet wurde die Groppe nur im Boyesystem angetroffen. Hier bestand eine kleine, reliktäre Population von rund 3.000 Tieren. Aktuell wird dieser Fisch in weitere umgestaltete Emschergewässer umgesiedelt.