Als Querbauwerke werden alle künstlich in das Gewässer eingebrachten, quer zum Gewässerbett verlaufenden baulichen Strukturen verstanden.

Querbauwerke haben erhebliche Auswirkungen auf die Gewässerökologie. Sie zerschneiden die Gewässer und beeinflussen die natürlichen Strömungsverhältnisse und damit auch die Sohl- und Uferstruktur des Gewässers. Insbesondere in Stau- und Ausleitungsstrecken wird der Lebensraum für Gewässerorganismen stark verändert. Die flussaufwärts oder flussabwärts gerichtete Durchgängigkeit kann vermindert oder vollständig unterbrochen werden. So erreichen Wanderfische wie der Lachs nicht mehr ihre Laichgründe in den Flussoberläufen. Dadurch gehen die Flussoberläufe als Laich- und Aufwuchshabitate verloren und die Qualität des Fließgewässers als Lebensraum wird deutlich geschädigt. Die Durchgängigkeit der Fließgewässer ist aber nicht nur für Fische, sondern auch für das Makrozoobenthos (wirbellose Wassertiere) wichtig.

Der von der EG-WRRL geforderte „gute ökologische Zustand“ kann ohne die Wiederherstellung der Durchgängigkeit nicht erreicht werden. Allerdings ergeben sich daraus nicht selten Konflikte, wenn Querbauwerke genutzt werden, zum Beispiel zur Energiegewinnung aus Wasserkraft oder zur Trinkwasserversorgung. Viele durch Querbauwerke gestaute Fließgewässer sind außerdem wertvolle Freizeit- und  Erholungsgebiete. In diesen Fällen muss vorab geprüft werden, ob ein Querbauwerk vollständig entfernt oder teilweise rückgebaut werden kann.

Im Rahmen der landesweiten Gewässerstrukturkartierung (2011-2013) wurden an den gemäß EG-WRRL berichtspflichtigen Gewässern alle Querbauwerke erfasst. Diese Daten stehen im Kartendienst des ELWAS-WEB zur Verfügung.

Seit 2018 liegt mit dem LANUV-Arbeitsblatt 38 eine Anleitung zur Erhebung der Gewässer-Bauwerke in Nordrhein-Westfalen vor, die 2023 neu aufgelegt wurde.

Zum Umgang mit Querbauwerken wurde im Auftrag des NRW-Umweltministeriums das "Handbuch Querbauwerke" (Düsseldorf 2005) entwickelt. Es erläutert die Zusammenhänge der aktuellen Defizite eines Fließgewässers mit den gewässerökologischen Auswirkungen künstlich angelegter Querbauwerke und beschreibt Maßnahmen und Methoden zur Sanierung von Querbauwerken und zur Umsetzung der Durchgängigkeit wie

• Rückbau und Wiederherstellung eines natürlichen Gewässerbetts
• Wiederherstellung der flussaufwärts und flussabwärts gerichteten Durchgängigkeit
• Schutzmaßnahmen für abwandernde Fische an Wasserkraftanlagen und Entnahmebauwerken
• Verfahren zur Festlegung des Mindestabflusses in Ausleitungsstrecken von Wasserkraftanlagen